El resto de Éxodo, todo Levítico, todo Números y todo Deuteronomio ocurrirán en el desierto. La geografía cambia: se acabó el Nilo, empiezan las paradas.
Tres días sin agua y llegan a Mara — «marâh», amarga: el nombre viene del agua que no se puede beber. Moisés echa un madero al agua siguiendo la indicación de Dios y el agua se endulza Éxodo 15:23-25. En el desierto de Sin llega la primera queja del pueblo por comida, y no la última: «para que muramos nosotros de hambre» Éxodo 16:3. Dios responde con el maná, cada mañana, seis días a la semana, cuarenta años Éxodo 16:14-35. Y con codornices al atardecer Éxodo 16:13.
En Refidim, otra vez sin agua. El pueblo riñe con Moisés al punto de que él teme por su vida: «un poco más y me apedrearán» Éxodo 17:4. Dios le ordena golpear la roca en Horeb; salen aguas Éxodo 17:5-6. Al lugar Moisés lo llama Masá y Meriba —«tentación» y «rencilla»— por la pregunta de fondo: «¿está, pues, Jehová entre nosotros, o no?» Éxodo 17:7. Guarda el nombre: se va a repetir cuarenta años después, en peores condiciones.
En Refidim también ataca Amalec. Josué sale a pelear. Moisés sube al monte con la vara de Dios: mientras alza la mano Israel prevalece; cuando la baja, Amalec prevalece. Aarón y Hur le sostienen las manos hasta la puesta del sol Éxodo 17:8-13.
Y llega Jetró — desde Madián, con Séfora y los dos hijos de Moisés a quien la había mandado devolver Éxodo 18:1-6. Escucha lo que Dios ha hecho y bendice a Jehová Éxodo 18:9-11. Al día siguiente ve a Moisés juzgando al pueblo de la mañana a la noche, solo. Y le da el consejo que va a organizar el gobierno de Israel: nombra jefes de mil, de cien, de cincuenta y de diez; ellos juzgarán los asuntos pequeños, y solo lo grande llegará a ti Éxodo 18:13-23. Moisés obedece a su suegro. Es uno de los muy pocos consejos exteriores que el texto le muestra aceptando.