Unos llegados de Judea enseñan en Antioquía que sin circuncidarse según la ley de Moisés no se puede ser salvo, y Pablo y Bernabé discuten con ellos con fuerza. La iglesia los envía a Jerusalén a tratar el asunto con los apóstoles y los ancianos Hechos 15:1-2. Allí unos fariseos creyentes sostienen lo mismo Hechos 15:5. Pedro recuerda que Dios dio el Espíritu a los gentiles sin hacer diferencia; Bernabé y Pablo cuentan las señales entre los gentiles; y Jacobo propone la decisión: no inquietar a los gentiles que se convierten, pero pedirles que se abstengan de lo contaminado por los ídolos, de la fornicación, de lo ahogado y de la sangre Hechos 15:7-21. La decisión se envía por carta Hechos 15:22-29.
Pablo cuenta además un choque que Hechos no menciona. En Antioquía, Pedro comía con los cristianos gentiles, pero cuando llegaron algunos de parte de Jacobo empezó a apartarse por miedo a los de la circuncisión, y los demás judíos, «aun Bernabé», lo siguieron. Pablo lo enfrentó «cara a cara» delante de todos Gálatas 2:11-14, y de ahí saca la tesis que desarrollará en sus cartas: el hombre no es justificado por las obras de la ley, sino por la fe de Jesucristo Gálatas 2:16.
Cuando Pablo propone a Bernabé volver a visitar las iglesias, discuten por Juan Marcos, que los había abandonado en Panfilia. El desacuerdo es tal que se separan: Bernabé se va con Marcos a Chipre y Pablo escoge a Silas Hechos 15:36-40. Años después, en cartas que llevan su nombre, Marcos aparece de nuevo a su lado Colosenses 4:10 2 Timoteo 4:11.