Terminada la conquista, el arca reposa en Silo, y allí sigue durante el tiempo turbulento de los jueces. En la crisis desatada por el crimen de Guibeá, cuando las tribus están a punto de exterminar a Benjamín, van a consultar a Dios, y el texto se detiene a precisar dónde: el arca del pacto estaba allí en aquellos días, y Finees, nieto de Aarón, ministraba delante de ella Jueces 20:27-28. Es una de las pocas ventanas al arca entre Josué y Samuel, y sitúa Silo como su casa antes del desastre.
Porque Silo es también de donde saldrá para no volver. Es el santuario que atiende Elí y sus hijos 1 Samuel 1:3, y desde ahí se la llevarán al campo de batalla en el episodio siguiente. El salmista, mucho después, recordará el golpe con crudeza: Dios «entregó su fortaleza al cautiverio y su gloria a mano del enemigo», y abandonó el tabernáculo de Silo Salmo 78:60-61.