El hijo de Jonatán, Mefi-boset, tenía cinco años cuando llegó la noticia de Gilboa; su nodriza huyó con él, se le cayó y quedó cojo 2 Samuel 4:4. Años después, ya rey, David pregunta: «¿Ha quedado alguno de la casa de Saúl, a quien haga yo misericordia por amor de Jonatán?». Le devuelve las tierras de Saúl y lo sienta a comer a su mesa «como uno de los hijos del rey» 2 Samuel 9:1-11.
Cuando los gabaonitas exigen la muerte de siete descendientes de Saúl, David perdona a Mefi-boset «a causa del juramento de Jehová que hubo entre ellos, entre David y Jonatán» 2 Samuel 21:7. Al final, hace llevar los huesos de Saúl y de Jonatán desde Jabes y los entierra en la tierra de Benjamín, en el sepulcro de Cis, el padre de Saúl 2 Samuel 21:12-14. Ver los gabaonitas.
Su papel dentro de la Biblia
Jonatán es la figura que hace posible el paso del trono de Saúl a David sin que David aparezca como usurpador. El heredero legítimo reconoce a su rival, lo protege de su propio padre y le cede de palabra lo que le correspondía. Al mismo tiempo, se mantiene leal a Saúl hasta el final y muere a su lado. El relato lo muestra fiel a los dos: a su padre como hijo y a David como amigo.